Pumas confió en Rafa Puente Jr para ser técnico del primer equipo, pese a las dos rachas negativas que tiene en su carrera como estratega de la Liga MX .
La primera de esas rachas son los
(2 años, 9 meses y 20 días) que tiene Puente del Río sin ganar un partido de Liga MX al ser el técnico de un equipo. La última vez que lo hizo fue el 15 de marzo de 2020 cuando dirigía al Atlas y vencieron 3-2 a Toluca en la Jornada 10 del Clausura 2020 , posteriormente dirigió tres juegos y ninguno lo ganó (1 empate y 2 derrota).
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La segunda racha negativa que tiene Rafa Puente es no poder ganar en su debut como técnico de un club.
En la Jornada 1 del Apertura 2017 debutó como estratega en la Liga MX al frente de los extintos Lobos BUAP y empataron (2-2) con Santos.
Para la Jornada 1 del Apertura 2018 , su primer juego al frente de Querétaro igualó sin goles ante Atlas.
Mientras que cuando se hizo cargo de Atlas en la Jornada 5 del Clausura 2020 perdieron 3-1 frente a Monarcas Morelia (Hoy Mazatlán).
Para este domingo 8 de enero de 2023, Rafa Puente Jr volverá a dirigir un equipo de Liga MX
, lo hace al frente de Pumas quienes reciben a los Bravos de Juárez , curiosamente la institución donde Puente del Río recibió la oportunidad de ser auxiliar técnico de Ricardo Ferretti durante el Apertura 2021 y Clausura 2022.