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La carrera de Tomás Boy como técnico no cuenta con ningún título en sus vitrinas. Sin embargo, se ha convertido en un “bomberazo” para conjuntos que se encuentran en problemas de cocientes.
La trayectoria de 'El Jefe' inició en el Tampico Madero para la temporada 1989-1990 en la Jornada 13 y registró al final de su única campaña una efectividad del 37 por ciento.
Luego llegó al Querétaro en la Jornada 21 de la 1992-1993 y dirigió también el siguiente torneo, pero con un rendimiento similar a su primera prueba en los banquillos.
Hasta la campaña 1995-1996 fue contratado en la Jornada 6 por parte del Veracruz . El estratega mexicano cumplió con los Tiburones y los colocó en la liguilla, siendo eliminados en semifinales.
Para el Invierno 1996, Boy arribó a Morelia con el torneo ya empezado (Jornada 5). Comandó a los Monarcas durante ese certamen y el siguiente, en el que incluso se quedó en las semifinales.
En el Invierno 1997 y el Verano 1998 estuvo en los Rayados de Monterrey , en donde no le fue nada bien y registró una efectividad de 29 por ciento.
Del Invierno de 1998 al Verano 2000, regresó por cuatro torneos a Morelia , en una de sus etapas más destacadas en el futbol mexicano. Calificó en cada certamen, pero sin trascender.
Para enero de 2002, Tomás Boy se vinculó con el Puebla , pero sólo ganó un partido de 13 partidos que dirigió antes de ser despedido.
Con otro ' bomberazo ', en la Jornada 11 del Clausura 2004 firmó con el Veracruz en un efímero paso por el puerto con una efectividad del 37 por ciento.
En el Apertura 2007, 'El Jefe' estuvo como técnico interno del Atlas durante ocho encuentros pero no continuó para el siguiente torneo.
Volvió a Morelia en el Clausura 2009 y lo hizo entrando como sustituto. En este trabajo vivió su etapa más extensa como técnico de la Liga MX. Incluso en el Clausura 2011 disputó pero perdió la final ante los Pumas. Se fue tras 123 juegos con una efectividad del 54 por ciento.
Para el Clausura 2013 volvió al Atlas para rescatarlos de los problemas de descenso que vivían. Se fue sorpresivamente y hasta el Clausura 2014 tomó de nuevo al equipo. Calificó en dos de tres torneos y dejó el cargo tras ser goleado por Chivas en la liguilla del Clausura 2015.
Finalmente, su último equipo fue el Cruz Azul. Fiel a su costumbre tomó al equipo en la Jornada 13 del Apertura 2015. Sin embargo, contó con más pena que gloria y abandonó el club en el Apertura 2016.
