El auditor Superior de la Federación determinó que "en las cuatro auditorías de obra se determinaron deficiencias tanto en la planeación y elaboración de proyectos ejecutivos como en la ejecución y supervisión de obras y servicios”

La Auditoría detectó falta de armonización de las disposiciones federales y estatales en profesionalización docente y gestión escolar, además de opacidad y discrecionalidad en el ejercicio del Fondo de Aportaciones para la Nómina Educativa y Gasto Operativo