Durante el gobierno del presidente Juárez, México nuevamente fue agredido por una invasión francesa, la República liberal bajo el gobierno de Juárez pasaba por grandes calamidades y para resolver las angustias económicas recurrió a la política de colonización, otorgándole un contrato en Baja California a Jacobo P. Leese firmado el 30 de marzo de 1864, el gobierno se obligaba a ceder terrenos baldíos de la Península desde los 31 grados de latitud norte hasta 24° en dirección sur para que fueran colonizados por los norteamericanos.
La anterior concesión afectaba casi las dos terceras partes de la Baja California, afortunadamente esta empresa fracasó, transfiriendo sus derechos a otra empresa neoyorquina la “Lower California Company”, la cual envió a una misión para explotar el territorio sin embargo tuvo éxito, al no haberse cumplido con las obligaciones del contrato de la Lower California Company, canceló la concesión, reclamando a México una indemnización por 25 millones de dólares por daños a sus ciudadanos, el gobierno del presidente Juárez con toda dignidad rechazó enérgicamente las pretensiones americanas.
Después de la anterior concesión de territorio en la Península a ciudadanos extranjeros hubo otras, el 18 de diciembre de 1883 México proclamó una ley de colonización otorgando facilidades para la compra de terrenos, lo cual aprovecharon para entrar compañías extranjeras, comprando a 10 centavos la hectárea, ya entre 1880 a 1888 en la Península se establecieron alrededor de 30 concesiones, estas empresas utilizaban las tierras para explotarlas o bien rentarlas, nuevamente no cumplieron con los contratos.
A finales del siglo XIX durante la etapa del gobierno del General Porfirio Díaz México cambia de política creando la compañía mexicana de tierras y colonización para recuperar terrenos en manos extranjeras, en esta etapa la Baja California disfrutó de paz incrementando la riqueza pública, las tierras de las antiguas misiones se distribuyeron entre marginados, desarrollando la ganadería y otras actividades aumentando la población peninsular notoriamente. Se estableció por primera vez un eficaz sistema de integración y comunicación de la Península con el exterior, permitiendo la explotación de carboneros de Estados Unidos en la Bahía de Magdalena, así como permitiendo a la Marina de ese país ejercicios de tiro, concesiones que terminarían en 1910.
Durante el gobierno del presidente Carranza se consignaron casos de violación a los derechos de soberanía que barcos extranjeros realizaban en el Golfo de California especialmente en el Puerto de Ensenada Baja California, fue el caso de un barco de guerra de Estados Unidos (Iraquís) que desembarcó a sus marinos, acto que violaba la soberanía mexicana. Es de notar que México pasaba por periodos difíciles, pero con sentido nacionalista seguía ejerciendo dominio sobre la Península y el Golfo.
En fechas posteriores durante el gobierno del presidente Plutarco Elías Calles, México denunció el saqueo de las Costas del Pacífico y del Golfo de California particularmente de empresas norteamericanas que ilegalmente explotaban las riquezas pesqueras y se negaban a pagar impuestos.
Finalmente con el reparto agrario se establece la necesidad de fraccionar el latifundio de la Colorado River Company; este acto permitió el progreso de la región en la parte norte de la Península, aumentando la población y el progreso económico que de acuerdo al artículo 73 constitucional se justificó la demanda de la población para constituirse como un estado de la federación, de esta manera el territorio norte de la Baja California se convertía en entidad federativa, de acuerdo al artículo 43 y 45 del mismo ordenamiento el Diario Oficial de la Federación publicó el 16 de enero de 1952.
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