Tras la muerte del hoy cancelado conquistador Hernán Cortés la influencia religiosa fue determinante para consolidar los principales recintos de Coyoacán para continuar con la agenda virreinal de convertir a los habitantes del México antiguo.
En la tierra de los coyotes fue inaugurada la capilla conocida bajo el diminutivo de La Conchita y muy cercana a la famosa casa de La Malinche.
Fue en el año de 1524 cuando llegarían a nuestro país doce misioneros franciscanos, entre quienes se encontraba Fray Martín de Valencia, quien fue el primero en preocuparse por mantener contacto con el pueblo conquistado y emprendió una gira de propaganda, primero por el antiguo Tezcoco, después Xochimilco y al final la zona a la que llamaban Coyohuacan. Se cuenta en algunas crónicas que Fray Martín supo ganarse la confianza de los pobladores, a tal grado, que algunos de ellos llegaban en grupo hasta su refugio para pedirle los adoctrinara en las enseñanzas de su religión.
A estos primeros misioneros franciscanos siguieron más tarde los Dominicos, quienes fueron famosos en todo el valle por fundar un gran número de templos. Uno de los primeros se puede aún encontrar en su aspecto relativamente original junto a la parroquia de San Juan Bautista de Coyoacán.
Después de los franciscanos y dominicos, siguió la orden carmelita, muy popular entre los habitantes del lugar por fomentar muchos cultivos de frutos y especias, así como por sus obras a favor de los necesitados.
Por cierto, que fue aquí donde surgieron los primeros y se dice los mejores cantores religiosos del Nuevo Mundo y de muchos otros lugares. En crónicas pasadas mencionamos al mandatario de Coyoacán quien fue rebautizado por Cortés como Juan Guzmán Ixtolinque y nombrado cacique de las tierras durante la ausencia del conquistador. Fue precisamente Ixtolinque quien regaló tierras a 18 maestros de canto, para que enseñaran este bello arte a la comunidad indígena. Este adoctrinamiento cultural derivó más tarde en las suntuosas y bellas ceremonias de cuaresma realizadas en Coyocán y de las que algún viajero anónimo describiría como “una verdadera representación de los cielos en la tierra, con las más hermosas voces, colores y vestuarios”.
Un dato poco conocido de Coyoacán quedó registrado por las crónicas de Chimalpahin, donde se menciona que ya por el año 1587 tuvo lugar la Representación de la Pasión de Jesucristo en Coyohuacan.
Esto fue en parte lo que influyó en conservar la fama del lugar, pues durante varios años se fueron perfeccionando las festividades de Semana Santa que atraían a miles de familias de las más lejanas comunidades y cuyas tradiciones fueron realizadas en su forma original hasta aproximadamente el año 1840 y descritas con detalle en el texto “Vida de México” de la Marquesa Calderón de la Barca.
Durante los siglos virreinales la comunidad apostada en Coyoacán llevó una vida tranquila, repleta de buenas cosechas, obrajes que ocupaban a cientos de trabajadores y prósperas haciendas que sin embargo también fueron famosas por su cruel explotación hacia los indios. Las reprimendas con látigo se volvieron práctica común; tal era el caso de la célebre Casa de Posadas ubicada en la calle de Arenal y convertida hoy en la sede de la Secretaría de Cultura; este lugar encierra entre sus muros algunos de los más macabros episodios cometidos por caciques durante esos siglos.
Durante el siglo XVIII, el Palacio de Cortés corrió el peligro de derrumbarse por lo que fue necesario emprender trabajos de rescate. Fue además durante esos años que ocurrieron los hechos descritos en Los Bandidos de Río Frío y es también cuando florece la famosa Hacienda del Altillo cuyos propietarios son consideraddos los apellidos más famosos de Coyoacán: los Piña y los Aguayo... más de la tierra de los coyotes en próximas columnas.