A partir de la entrada en vigor de la ley de 1945, han dirigido la Universidad poco más de una docena de rectores de todas las tendencias, ideologías y profesiones. Ha habido abogados, científicos, químicos, ingenieros y en mayor número médicos, cada uno de ellos ha impuesto sus puntos de vista, criterios y personalidad en la conducción de la institución.
Nuestra casa ha sufrido múltiples crisis, periodos largos de suspensión de actividades, otros de graves tensiones políticas; sin embargo, los universitarios siempre han demostrado cariño y apego a la institución y, aun en los peores momentos, han podido enfrentar los embates contra ella, tanto a nivel interno como externo.
La Universidad es una institución peculiar por su conformación, estructura y por el amplísimo mecanismo de participación de sus órganos colegiados. No existe una línea de mando vertical que se obedezca sin discusiones como sucede en el gobierno federal, en la Universidad, las instrucciones tienen que tener una amplia aceptación y legitimación. La Universidad es, por un lado, una institución sumamente frágil; un grupo pequeño de interesados puede suspender sus actividades, impedir el ingreso a sus instalaciones y mantenerla cerrada por largos periodos; pero, al mismo tiempo, es sumamente fuerte después de estos ataques, como pasó en 1966, 1968, 1972 y 1999 pues, casi inmediatamente, a un par de días de recuperarse las instalaciones, reinicia su funcionamiento.
El primero de ellos se puede considerar la fuente de todos los demás. Propiciado por el gobierno federal, este, con su torpeza, no previó la fuerza que tenían los estudiantes cuando se organizaban, asimismo, los estudiantes, en ese momento, no comprendieron la fuerza que adquirían cuando actuaban de manera coordinada.
El gobierno cometió un error que le costaría en los años siguientes disgustos y el cuestionamiento de su legitimidad.