El juicio militar a José Delgado inició el 19 de enero de 1906. Victoriano Huerta sería parte del jurado que determinaría la responsabilidad del degradado brigadier, a quien se le acusaba de malversación de los fondos militares. El acto público comenzó a las nueve de la mañana: “Se encontraban reunidos en el local de la 2ª Sala del Supremo Tribunal Militar, en la ex Aduana, los señores magistrados (…) don Jesús Lalanne y don Julio M. Cervantes y brigadier don Victoriano Huerta, así como el magistrado letrado, general don José de la Paz Álvarez”.
El evento tuvo una alta expectación de los medios y el público se arremolinaba por escuchar la presentación de pruebas, dado que se esperaba la conclusión de un caso que había comenzado casi 10 años antes: “El presidente agitó el timbre y comenzó la lectura de algunas constancias procesales. (Esto) produjo un gran efecto en el auditorio, pues realmente no es concebible que un militar estuviere cometiendo la serie de delitos que aparecen perpetrados por el general Delgado, sin que se pusiera coto a los desmanes de dicho señor”.
El crimen se describió de la siguiente manera: “El exgeneral, como jefe del batallón de zapadores, disponía de las fajinas de los soldados que la nación pagaba para que hicieran de albañiles en las obras de construcción de la propiedad del propio Delgado. Para estas obras, el citado utilizaba los carros de tren de transporte del batallón y la construcción se llevaba a efecto con materiales que el erario pagaba para obras militares”.
En la barra de la acusación se hallaba el coronel C arlos Rubio Marroquín , agente del Ministerio Público adscrito al procurador del ejército. La defensa estuvo a cargo del licenciado Rafael O' Horan, quien adujo la prescripción de la acción. Rubio Marroquín exigió que no se tipificara el delito como abuso de autoridad, pues, a todas luces, aquello era un robo a la nación y esto, por ser agravio mayor, no merecía el sobreseimiento, sino que recayera sobre Delgado la pena merecida.
El 4 de marzo se anunció que se desechaba la petición de la defensa de sobreseer el juicio y se encomendó a De la Paz Álvarez para elaborar el proyecto de sentencia. La situación ofrecía un panorama desfavorable para el inculpado. Sin embargo, el fallecimiento del magistrado Mariano Cabrera, entre otros factores, trajo la oportunidad perfecta para encarpetar el asunto y librarse de las presiones de Porfirio Díaz . Tendrían que pasar cinco años para que el flamante secretario de Guerra y Marina del presidente Madero, Ángel García Peña , otro amigo del infidente militar, le restituyera su grado y sus privilegios.
Fuera de ese asunto, las labores de Huerta como magistrado supernumerario fueron breves y sin mayor trascendencia. En febrero de 1906, el general insistió en tener problemas personales, por lo que solicitó un permiso de ausencia de dos meses y, aunque se le otorgó, lo rechazó el 2 de marzo “por haber desaparecido los motivos que tuvo para solicitarlo”. Ese mismo año fue convocado a Monterrey para trazar la plaza, aunado a estas faenas, el jalisciense aducía nuevamente a conflictos particulares.
El primero de septiembre de 1907, Victoriano Huerta obtuvo una licencia por seis meses y ya no regresó a la corte militar. Lo sustituyó Manuel Roselló . Con ello, el jalisciense concluía su primer paso por un cargo administrativo de relieve. Seis años más tarde volvería con un puesto a la altura de sus ambiciones y José Delgado le sería tan fiel como desde sus mocedades en el Colegio Militar.