El 2 de julio de 1812, según consta en el acta levantada bajo la fe del escribano José Ignacio Rocha , las cabezas de Aldama, Allende, Hidalgo y Jiménez fueron trasladadas de la Plaza Mayor de Guanajuato —donde permanecieron más de ocho meses— a las cuatro esquinas de la Alhóndiga de Granaditas. Ese día, por instrucciones del intendente Francisco Pérez Marañón , se colocaron las testas en jaulillas de fierro fijadas por medio de escarpias y “en competente elevación”, poniendo debajo de cada una de ellas el apellido que le correspondía, como nuevas gárgolas protectoras de la corona.
En un lugar visible, Pérez Marañón mandó inscribir el siguiente anuncio: “Las cabezas de Miguel Hidalgo, Ignacio Allende , Juan Aldama y Mariano Jiménez , insignes facinerosos y primeros cabecillas de la revolución; que saquearon y robaron los bienes del culto de Dios y del Real Erario; derramaron con la mayor atrocidad la inocente sangre de sacerdotes fieles y magistrados justos; y fueron la causa de todos los desastres, desgracias y calamidades que experimentamos y que afligen y deploran los habitantes todos de esta parte tan integrante de la nación española”.
De esta manera se cumplía la venganza de los realistas por la sangrienta toma del inmueble al inicio de la rebelión, que le costó la vida al intendente Riaño, y que el historiador Carlos María de Bustamente evocó con asombro por el ímpetu de los alzados: “Era tal la pedrea que menudeaban, que no se daban punto de reposo; de modo que concluida la acción se notó que el pavimento de la azotea y el patio, tenía el alto de una cuarta de dichas peladillas arrojadizas”.
Durante los siguientes años, el Imperio español defendió a ultranza la ciudad de Guanajuato de cualquier intento de invasión por los sucesores de los primeros insurgentes. Esto se hacía no sólo por lo estratégico de la urbe, sino para evitar que los rebeldes se apoderaran de las simbólicas presas de guerra que desde las alturas miraban descarnadas el ir y venir de los ejércitos. Incluso, durante un tiempo, el coronel Agustín de Iturbide , en su carácter de comandante general de la provincia, fue el responsable de cuidar los preciados tesoros.
Aunque el seco clima, la sal, los periódicos baños de cal y de manteca, contribuían a su conservación, el tiempo le ganaba a la carne y el aspecto de los cuatro próceres se perdía en la memoria. Efraín Huerta los reclamaría en la siguiente centuria: “Oh cómo arden esas cabezas, esos/ garfios hoy solitarios: míralos/ en este recio arte de subir y bajar,/ bordear la siniestra Alhóndiga,/ memorizar cabellos, frentes, ojos,/ orejas, narices y bocas pendientes/ del atrocísimo cielo de la real venganza”.
Tras proclamarse el Plan de Iguala, Anastacio Bustamente, quien había luchado al lado de Calleja en las batallas de Aculco y Puente de Calderón, y luego tornó en fiel iturbidista, ocupó Guanajuato “sin tirar un tiro” y como primer gesto a favor del naciente país, el 28 de marzo de 1821 ordenó darles una sepultura cristiana a aquellos renegados transmutados en héroes.
Fue el mismo Pérez Marañón , ya del lado de los conjurados, quien liberó el necrosado contenido y sepultó los cráneos en el panteón de San Sebastián. Atrás, olvidados, quedaron los restos de sus cuerpos inhumados en Chihuahua. Parecía que la ruta de Hidalgo había llegado a su fin. Como un eterno símbolo de su tránsito por los aires, en 1840, Lucas Alamán atestiguó que todavía se podían observar las escarpias que seguían asomadas, aún amenazantes, en los muros del antiguo almudí.
