El profesor Rubén Núñez Ginez asumió el liderazgo en las principales acciones de la Coordinadora Nacional de Trabajadores de la Educación (CNTE) en todo el país para oponerse a la reforma educativa que decretó el gobierno del ex presidente Enrique Peña Nieto.
Cuando fue director de la Escuela Normal de Putla Villa de Guerrero encabezó la llegada de los profesores al Zócalo de la Ciudad de México y las protestas tras el desalojo que hizo el gobierno federal a través de la policía federal del plantón magisterial que había tenido una duración de cuatro semanas en septiembre de 2013.
Con palos y piedras los profesores defendieron esa tarde su estancia en el Zócalo. Mientras que los granaderos respondieron con gas lacrimógeno y toletazos. Finalmente, el campamento magisterial se trasladó al Monumento a la Revolución.
En junio de 2015 la CNTE intentó boicotear el proceso electoral intermedio de Oaxaca. Ese año, entre otras acciones, los maestros bloquearon el Aeropuerto Internacional y en el resto de la entidad bloquearon carreteras y tiendas departamentales transaccionales. Mientras que en otras entidades anunciaron el bloqueo de los pasos fronterizos en Chiapas, así como instalaciones férreas en Michoacán.
En 2016 se vivieron algunos de los momentos más intensos de la protesta magisterial contra la reforma educativa. La CNTE regresó a la Ciudad de México y se instaló desde el 15 de mayo hasta septiembre. En esta ocasión exhortaba al gobierno federal a replantear la evaluación de permanencia y, después, a declarar que ésta sería voluntaria.
Mientras que en la CDMX continuaban con el plantón y protestas, en Oaxaca, el 12 de junio, Rubén Nuñez Ginez fue arrestado por operar con recursos de procedencia ilícita o lavado de dinero; además por dos órdenes locales: intento de homicidio y robo agravado.
Como parte de las protestas que se generaron a partir de ese hecho, pobladores, maestros y padres de familia de Nochixtlán cerraron una carretera federal. La policía federal reprimió la manifestación y el resultado fue el asesinato de nueve maestros .
Aunque Núñez Ginez permaneció solo tres meses en el penal de máxima seguridad de Hermosillo, Sonora, su salud se deterioró de manera notoria. Cuando salió del penal estaba más delgado y se había rasurado el característico bigote. Al ser diabético e hipertenso su presencia en manifestaciones se limitó desde entonces.
Durante el gobierno de Enrique Peña Nieto ocho líderes magisteriales de la sección 22 fueron encarcelados desde octubre de 2015, tres meses después de que el gobiernos federal y de Oaxaca reestructuraron al Instituto Estatal de Educación Pública de Oaxaca (IEEPO) y expulsaron a la CNTE de su organización y manejo.
En febrero de 2019 la CNTE dio a conocer que Rubén Núñez Ginez había sido internado por su delicado estado de salud.
iarp