Durante 2021, el vivió polémicas como la ampliación del mandato del ministro presidente Arturo Zaldívar y las acusaciones del Jefe del Ejecutivo contra los jueces que frenaron la reforma energética, entre otras.

En marzo se aprobó la reforma constitucional al PJF impulsada por Zaldívar en coordinación con el presidente .

Uno de los puntos positivos de la reforma fue la modificación al sistema de precedentes judiciales que permite a los justiciables obtener criterios aplicables a todo el país con una sola sentencia y no esperar a las cinco resoluciones que podían tardar años en llegar.

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Sin embargo, en la aprobación de las leyes secundarias a la reforma constitucional de último minuto fue agregado el artículo 13 transitorio a la Ley Orgánica del PJF, el cual ampliaba el mandato de Zaldívar y de los consejeros de la Judicatura Federal (CJF) por dos años más.

El asunto fue duramente criticado y marcó agenda durante los siguientes meses hasta que, finalmente en noviembre pasado, el ministro recién retirado Fernando Franco González Salas presentó un proyecto para declarar inconstitucional dicho artículo transitorio, y éste fue apoyado por unanimidad en el pleno.

La Corte también destacó por la declaratoria general de inconstitucionalidad de la prohibición absoluta para consumir cannabis con fines lúdicos; también por la sentencia que declaró inconstitucional la criminalización del aborto y el anuncio de que la Defensoría Pública Federal asesorará a las mujeres encarceladas por este delito.

En marzo, el juez federal Juan Pablo Gómez Fierro concedió la primera suspensión para mantener frenada la entrada en vigor de la reforma eléctrica impulsada por López Obrador.

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Ante esta decisión, el Titular del Ejecutivo federal arremetió contra el juzgador y pidió investigar si su resolución respondió a intereses ajenos al cumplimiento de la ley.

Zaldívar informó que el CJF revisaría la petición del Presidente y finalmente en mayo determinó que el juez Gómez Fierro no incurrió en ningún conflicto de interés o irregularidad en su actuar.

Otro asunto que generó polémica fue la implementación del Padrón Nacional de Usuarios de Telefonía Móvil (Panaut), en el que se esperaba que la Corte concediera una suspensión para frenar su entrada en vigor.

Sin embargo, la ministra Norma Lucía Piña Hernández resolvió no conceder la suspensión, pues todavía no existían las normas secundarias a las que está condicionada la entrada en vigor del Panaut y su operación.

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La Corte concluyó el año con una polémica resolución sobre la revocación, al instruir al INE a seguir con el proceso; el órgano ya lo había suspendido.