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Durante dos gubernaturas ocupó el cargo de Procurador General de Justicia del Estado de México y en esta administración Alfonso Navarrete Prida desempeñó durante cinco años la titularidad de la Secretaría del Trabajo y Previsión Social (STPS), hoy fue designado nuevo Secretario de Gobernación .
Al frente de la PGJEM, Navarrete Prida tuvo en sus manos casos como el del homicidio de Enrique Salinas de Gortari, hermano del ex presidente Carlos Salinas de Gortari, ocurrido el 5 de diciembre de 2004 en los límites entre la delegación Miguel Hidalgo y el municipio mexiquense de Huixquilucan; también inició una investigación por enriquecimiento ilícito en contra de Arturo Montiel, en la cual concluyó que no había elementos para sustentar la acusación.
Priísta desde 1989, Navarrete Prida ha desempeñado varios cargos públicos, actualmente se ocupará la Secretaría de Gobernación en sustitución de Miguel Ángel Osorio Chong.
Fue secretario particular de Jorge Carpizo McGregor en tres ocasiones,de 1991 a 1993, Navarrete Prida fue secretario privado y asesor de Carpizo durante su presidencia en la Comisión Nacional de Derechos Humanos.
De 1993 a 1994, se desempeñó como secretario particular del Procurador General de la República, durante la gestión de quien también fue rector de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). En 1994 fungió como secretario particular del secretario de Gobernación, cuando Carpizo encabezaba la dependencia.
De 1996 a 1998 fue Subprocurador de Procesos Penales de la PGR; entre 2000 y 2001 fue Subprocurador general de la PGR, de 2001 a 2006 fungió como Procurador General de Justicia del Estado de México.
En 2001 Alfonso Navarrete llegó a la Procuraduría General de Justicia mexiquense en la gubernatura de Arturo Montiel, durante ese periodo investigó el homicidio de Enrique Salinas de Gortari.
Tras encontrar el cuerpo en Huixquilucan, como procurador mexiquense Navarrete Prida pidió la detención de varios agentes de la extinta Agencia Federal de Investigación(AFI) y citó a declarar a Igor Labastida Calderón, entonces subdirector de Secuestros, de la Secretaría de Seguridad Pública; sus investigaciones apuntaron hacia Humberto Castillejos Cervantes, quien en esa época era coordinador de asesores de la Procuraduría General de la República (PGR).
El 14 de agosto de 2005, la Procuraduría mexiquense turnó la investigación a la PGR, para que aclarara y, en su caso, sancionara, a los funcionarios federales posiblemente implicados en el homicidio.
Una vez que Enrique Peña Nieto asumió como gobernador del Estado de México, Alfonso Navarrete fue ratificado en 2005 al frente de la PGJEM cargo que dejó en 2006 poco después de concluir la investigación contra Arturo Montiel por supuesto enriquecimiento ilícito.
El 13 de enero de 2006 Navarrete Prida, informó que no había elementos para determinar que el ex gobernador, Arturo Montiel Rojas, incurrió en delitos de peculado y enriquecimiento ilícito, puesto que Montiel Rojas acreditó que contaba con un patrimonio “sólido” antes de llegar a la gubernatura mexiquense.
Tras abandonar su cargo en la PGJEM, el funcionario regresó al gabinete mexiquense de Peña Nieto el 5 de febrero de 2008 al ser nombrado Secretario de Desarrollo Metropolitano, cargo al que renunció el 22 de enero de 2009 para buscar una diputación federal. Entre 2009 y 2012 fue diputado federal.
