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Aunque se habla de antecedentes similares a las universitarias en el mundo árabe, la realidad es que las universidades surgen en Occidente en el siglo XI, dando con ello un inmenso paso para la cultura occidental, como pocas veces se había visto antes.
La enseñanza, la investigación y, en general, la cultura y todas sus manifestaciones, estaban enclaustradas en monasterios y conventos; todo se encontraba bajo la esfera religiosa, subordinado al control absoluto, dogmático, ideológico y político de la Iglesia católica. Con el surgimiento de las universidades en Europa, ese conocimiento antes reservado para sacerdotes, clérigos y monjes se puso al alcance de la sociedad; las directrices, el imperativo del dogma y de la doctrina católica seguían siendo impuestos a los claustros universitarios, pero, si bien la orientación seguía siendo la misma, su alcance ya era otro.
Sin embargo, la enseñanza monolítica se vería poco a poco fragmentada. Serían los problemas propios de la Iglesia los que abrirían nuevos caminos a la enseñanza: los cismas de Oriente y Occidente; el espíritu crítico llegado con la Reforma; y, la gradual y constante cuota de libertad que adquiría el ser humano, ampliaron el margen de acción de quienes enseñaban y de quienes investigaban.
En América, las primeras universidades surgen en 1551, siendo estas la de México y la de Santo Domingo. En nuestro caso, surge como Real, adquiriendo ocho años más tarde el título de Pontificia, lo que le daría una amplitud a la circulación de las obras producidas en ella, así como el reconocimiento de los grados académicos que pasaban del ámbito del Imperio español al de toda la cristiandad, es decir, a todo el mundo conocido.
La Universidad pudo unir diversos conocimientos en un mismo lugar, creó un intercambio permanente de puntos de vista, doctrinas, tesis y antítesis que enriquecieron, pese al control eclesiástico, la búsqueda permanente, aunque siempre inalcanzada, de la verdad.
A pesar del fortalecimiento del intercambio de pensamiento, de doctrinas y de corrientes filosóficas, habrá que esperar hasta entrado el siglo XX para que esa libertad innata adquiriera carta de naturaleza en las universidades.
Se ha hablado muchas veces del intercambio que se produjo a partir de 1542 con el “Encuentro de dos mundos”. De manera generalizada, se mencionan las aportaciones de Europa a América latina y se hace hincapié en beneficios culturales o inmateriales como lengua, religión, cultura y, por el contrario, al referirse a la influencia americana en Europa, esto se reduce a productos agrícolas como maíz, tomate, chocolate y un infinito etcétera. Sin embargo, poco se habla de las aportaciones ideológicas que el nuevo continente envió al viejo, como la idea de República moderna, de sistema federal y, en el ámbito cultural, el de autonomía; Autonomía Universitaria.