Por sus aportaciones a la física teórica, ser pionero en la divulgación de la ciencia con la creación de recintos innovadores, como Universum y los museos de las Ciencias y de la Luz, Jorge Flores Valdés recibió el doctorado honoris causa por la Universidad Autónoma del Estado de México (UAEM).
La UNAM, por su parte, señaló en un comunicado que al investigador emérito del Instituto de Física y del Sistema Nacional de Investigadores (SIN) también se le reconoce por haber sido miembro fundador de importantes instituciones del sector científico.