Actual coordinador del equipo de transición de la jefa de Gobierno electa, Clara Brugada. Es catedrático de la Facultad de Economía de la UNAM.
Entre 1985 y 1994, se desempeñó como suplente y titular de una diputación federal.
En 1997, se incorporó al Gobierno del entonces Distrito Federal, encabezado por Cuauhtémoc Cárdenas Solórzano, donde se desempeñó como secretario del Medio Ambiente.
Posteriormente, se integró a la administración del otrora jefe de Gobierno, Andrés Manuel López Obrador, donde se desempeñó primero, como secretario de Desarrollo Económico; luego como subsecretario de Gobierno y después como Secretario de Gobierno.
Entre 2005 y 2006, Encinas asumió el cargo de jefe de Gobierno, en sustitución de López Obrador, quien se postuló como candidato a la Presidencia.
En 2009, fue designado diputado por el entonces Distrito Federal, y entre 2012 y 2018, se desempeñó como Senador, al tiempo que formó parte de la Asamblea Constituyente en 2016 y parte de 2017.
En la actual administración federal, encabezada por López Obrador, Encinas se integró como Subsecretario de Derechos Humanos, Población y Migración, y en 2023, durante unos días, fue encargado de despacho de la Secretaría de Gobernación.
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