A tres años de la su administración, la jefa de gobierno de la Ciudad de México, Claudia Sheinbaum Pardo, suma 16 cambios en su equipo, entre ellos, 10 secretarios de su gabinete, así como los titulares del Metro, del Instituto de la Vivienda, del Instituto de Verificación Administrativa, el titular del Órgano Regulador de Transporte, un director general de la Seduvi, un subsecretario de gobierno y la coordinación de Comunicación Ciudadana.
El 25 de julio de 2020, tras un año y ocho meses de que Sheinbaum Pardo haya tomado las riendas de la Ciudad, el Presidente de México, Andrés Manuel López Obrador nombró a la entonces titular de la Secretaría de Gobierno local, Rosa Icela Rodríguez Velázquez, como la titular de la coordinación general de Puertos de la Marina Mercante, posteriormente fue elegida como Secretaría de Seguridad y Protección Ciudadana.
La Secretaría de Gobierno es el segundo cargo más importante de la administración, después de la jefatura de gobierno y es la encargada de las relaciones con órganos y poderes públicos locales y federales; la coordinación metropolitana y regional; y de los centros de reinserción social, justicia para adolescentes y acción cívica.
Tras la partida de Rodríguez Velázquez, la jefa de gobierno eligió a Alfonso Suárez del Real para encabezar el área desde el 26 de julio de 2020, pero un año después, el 7 de julio de 2021 fue removido a la jefatura de oficina de la mandataria local y en su lugar quedó el Senador Martí Batres Guadarrama.
Otro de los cargos importantes en la capital, es el titular de la Secretaría de Seguridad Ciudadana, y después de 10 meses de estar a cargo de esta dependencia, el 4 de Octubre de 2019 Jesús Orta Martínez renunció por motivos personales a la titularidad de la dependencia. En su lugar, entró Omar García Harfuch.
No obstante, un año después, la jefa de gobierno indicó que la causa de su salida fue por la investigación que realiza la Fiscalía General de la República (FGR) por delincuencia organizada y lavado de dinero, incluso la Contraloría General como la Fiscalía también investigan al funcionario, para ubicar casos similares.
Tras la polémica que se generó por que funcionarios de la Ciudad de México utilizar un avión privado que se presume, es del empresario Fernando Ruano, lo que representaba un conflicto de interés, en diciembre de 2019, Héctor Villegas, tras un año de ser el titular de la Consejería Jurídica y de Servicios Legales, presentó su renuncia tras un conflicto de intereses. Al respecto, la jefa de gobierno también solicitó la renuncia de María Idalia Salgado Hernández como titular del Instituto de Verificación Administrativa de la Ciudad de México.
Otro funcionario que se fue tras la polémica, fue el exdirector del Instituto de Vivienda (Invi), Pedro Sosa, quien presentó su renuncia, debido a que hubo algunos cambios en las reglas de operación que no fueron consultados y también porque no existía la suficiente comunicación con otras áreas de su administración.
Asimismo, el 21 de octubre, el extitular del Órgano Regulador de Transporte (ORT), Pavel Sosa, fue cesado por retrasos en las obras del Cablebús y en la instalación de GPS en el transporte concesionado.
El 20 de octubre la jefa de gobierno, Claudia Sheinbaum Pardo, anunció el cambio de titularidad de la Secretaría de Desarrollo Económico, sustituyendo a José Luis Beato González por Fadlala Akabani Hneide. Aseguró que se buscaba un enfoque distinto en la dependencia.
Mientras que el 6 de febrero de 2020, tras un año y dos meses, Gabriela Rodríguez dejó la Secretaría de las Mujeres para irse al Consejo Nacional de Población (Conapo); y la sustituyó Ingrid Aurora Gómez Saracibar, quien era directora general para una Vida Libre de Violencia en la institución.
El 17 de diciembre de 2020, la mandataria local anunció cambios en su equipo de trabajo, nombró a Laura Ita Andehui Ruiz Mondragón como nueva Secretaria de Pueblos y Barrios Originarios y Comunidades Indígenas, en sustitución de Larisa Ortiz Quintero, quien fue nombrada como magistrada del al Tribunal Superior de Justicia Administrativa local.
A la Secretaría de Cultura local llega Vannesa Bohórquez López, mientras que María Guadalupe Lozada, quien estaba como Encargada de Despacho desde el 28 de julio, regresó a la dirección general de Patrimonio Histórico, Artístico y Cultural de la Ciudad.
Sheinbaum Pardo también informó que Arturo Medina dejaría la Subsecretaría de Gobierno, para irse a la Secretaría de Seguridad y Protección Ciudadana federal, por lo que eligió a Efraín Morales como nuevo subsecretario.
El 30 de diciembre, la jefa de gobierno informó sobre un cambio entre dos personas de su equipo, su Secretario Particular, Carlos Ulloa, asumirá la titularidad de la Secretaría de Desarrollo Urbano y Vivienda (Seduvi), mientras que Ileana Villalobos, quien estaba como titular de la Seduvi, pasó como Secretaria Particular de la jefa de Gobierno.
La mandataria local recordó que Pablo Tomás Benlliure, fue nombrado por el Congreso de la Ciudad de México como director del Instituto de Planeación de la Ciudad de México, y que a principios de año se dará una revisión de las distintas instancias y sus programas de trabajo.
Luego de las polémicas que se generaron en el Sistema de Transporte Colectivo Metro por el choque de trenes en Tacubaya en marzo de 2020, el incendio del Centro de Control y Comando de Buen Tono en enero de 2021, que dejó sin servicio a seis líneas, y el colapso de la Línea 12 donde perdieron la vida 26 personas, la jefa de gobierno decidió hacer un cambio en la dirección de este organismo, por lo que el 28 de junio, Sheinbaum Pardo informó sobre la salida de la directora del Metro, Florencia Serranía y en su lugar se quedó Guillermo Calderón.
Con la llegada al Metro de Guillermo Calderón, se quedó como encargado del despacho del Servicio de Transportes Eléctricos Marín López Delgado.
El 7 de julio pasado, la jefa de gobierno dio a conocer otros cambios, entre ellos, Carlos Augusto Morales López, quien ahora es el secretario particular; además se incorporó Sebastián Ramírez, como Coordinador de Comunicación Ciudadana; mientras que Luis Ruíz Hernández se integró a la Secretaría de Movilidad, como subsecretario de transporte.