Como director de la Agencia de Investigación Criminal (AIC), Omar García Harfuch asestó varios golpes en las estructuras operativa, financiera y de distribución de armamento del Cártel de Jalisco Nueva Generación (CJNG).
En agosto de 2018, uno de sus últimos actos como titular de esa corporación en el sexenio pasado, estuvo en Chicago, Estados Unidos, donde, en conjunto con autoridades de ese país, se anunció una estrategia para combatir a las organizaciones criminales, en especial al CJNG, encabezado por Nemesio Oseguera, El Mencho.
Antes, en agosto de 2017, ya había detenido a Raúl Flores Hernández, El Tío, en Zapopan, quien resultó ser uno de los operadores financieros más importantes de esa célula; era requerido por Washington.
Después, junto con el Ejército, logró la captura en la Ciudad de México de Dámaso López Núñez, El Licenciado, quien buscaba una alianza con el CJNG para arrebatarle el control total del Cártel de Sinaloa a los hijos de Joaquín El Chapo Guzmán, Iván y Alfredo.
En junio de 2018, el ahora secretario de Seguridad capitalino concretó la captura de 10 personas —seis de origen chino y cuatro mexicanos—, que formaban parte de una red internacional de operadores financieros vinculada al CJNG, en diversos domicilios de la Ciudad.
Tras el secuestro y asesinato de dos elementos de la AIC por parte de ese grupo criminal, García Harfuch encabezó las pesquisas para la detención de 18 integrantes de esa organización, entre ellos Mauricio Varela, El Manotas.
También participó en el aseguramiento de José Luis Gutiérrez, Tolín, 77 o El Señor de la TT, quien es cuñado del Menchito y Jorge Luis Sierra Estrada, El Orejón, operador del CJNG en Tlajomulco, Jalisco, y compadre de El Mencho.
De igual forma, la AIC de García Harfuch tuvo participación en la detención de José Guadalupe, El 15, jefe de plaza del cártel en Zapotlán el Grande y responsable de la desaparición de tres italianos.
Planeó el operativo para la captura de Juan Francisco, Juan Pistolas, jefe de sicarios de la organización criminal; se encargaba de distribuir armamento y drogas en la zona metropolitana de Guadalajara.
Desde la agencia y en conjunto con la Marina, el funcionario emprendió una ofensiva contra La Unión Tepito y los diversos grupos de narcomenudeo en la Ciudad.
Consiguió el arresto de criminales violentos como Roberto Mollado, El Betito; David García, El Pistaches; Óscar Andrés Flores, El Lunares, y Jorge Flores, El Tortas, uno de los líderes de la Anti-Unión Tepito.
Su trayectoria también abarcar el desmantelamiento de banda de secuestradores como La Marranita, Los Conejos, Los Mexicanos Más Locos y Los Bikers.
Además, en 2018, García Harfuch recibió del Departamento de Seguridad Nacional de Estados Unidos el Premio a la Cooperación Internacional por el trabajo de la AIC para desarticular a la banda transnacional Los Granados, dedicada a la trata de personas.