El avance de la mancha urbana puso en peligro a Arroyo Moreno, el único pulmón de la zona conurbada de Veracruz-Boca del Río, zona protegida, que albergaba, hasta hace una década, gran número de especies de aves, crustáceos, plantas y mamíferos. El lugar recibe las aguas negras de fraccionamientos, un centro comercial y asentamientos irregulares.
La Secretaría del Medio Ambiente (Sedema) y la Procuraduría del Medio Ambiente (PMA) anunciaron una auditoría al fraccionamiento en obra, que descarga aguas residuales al a fluente.
Es el último reducto de bosques de mangle en el área metropolitana.
El afluente se une con el río Jamapa, que desemboca en mar veracruzano.
El cangrejo azul, especie en peligro extinción, tiene sus nidos en esta zona.
Se detectaron cuatro descargas de aguas negras que surgen de las colonias cercanas a la cabecera municipal.