Nace en la secta hippie/cristiana Children of God, donde su padre era sacerdote. Su nombre no tiene relación con la naturaleza como sus hermanos River (río), Rain (lluvia) y Liberty Butterfly (mariposa libre); cambia a Leaf (hoja) y su apellido de Bottom a Phoenix.
Su familia se muda de Puerto Rico a EU, deja la comuna y su madre trabaja de secretaria en NBC. Les consigue a sus hijos un agente y audiciones. Lo primero que hace Joaquin son comerciales y junto a River debuta en Seven brides for seven brothers.
Antes de actor cantó por West Hollywood. River tuvo éxito primero. “Mi hermano fue el primero en tener algo estable. Le dieron un papel en un show. En un episodio necesitaban un niño y una niña. Fuimos mi hermana y yo. Éramos la opción barata”, dijo Joaquín.
En 1991 se retira para vivir en México y Cuba pero regresa al ojo público tras la muerte de River en 1993. Su hermano muere por sobredosis afuera del Viper Room. Se reveló que fue Phoenix quien llamó al 911, cuando su hermano sufrió el paro cardiaco.
Tiene éxito con Gladiador y su trato con la prensa se complica. Da pocas entrevistas: “Soy cauteloso por naturaleza, tengo miedo de lo que la gente puede hacer. No sólo los medios sino personas a tu alrededor, que consideras amigos y de pronto dando entrevistas”.
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Phoenix no quería hacer Joker , ya que Heath Ledger era su amigo y dijo que amaba su actuación en "The Dark Knight". Joaquin nunca ha ganado un Oscar; ha estado nominado anteriormente en tres ocasiones, dos por Actor principal y una por Actor de reparto.