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Entre largos pasillos y mesas de laboratorio, los investigadores del Centro Nacional de Microbiología de España juegan a ‘¿Dónde está Wally?’ , pero en lugar de buscar un personaje con jersey de rayas entre la multitud, tratan de identificar a una bacteria: la Listeria monocytogenes .
Así describe su trabajo Julio Vázquez , jefe del Laboratorio de Referencia de Listeria, que persigue a contrarreloj el origen del brote de listeriosis desde que estalló en Andalucía, España, el pasado mes de agosto. La bacteria ya ha afectado a 214 personas y ha traído consigo 3 defunciones, según datos del Ministerio de Sanidad de este país.
Por el momento, los estudios apuntan a que la fuente de estas últimas intoxicaciones ha sido el consumo de carne mechada. “Hay que buscar alguna característica especial en las muestras que hemos recibido que nos permita decir que la cepa que está produciendo un caso en Sevilla es exactamente igual que la que está produciendo otro caso en Huelva. Eso nos permitiría delimitar el brote y encontrar su origen”, explica el experto.
El Centro Nacional de Microbiología (CNM) en Majadahonda (Madrid) lleva más de treinta años analizando diferentes brotes de listeria . En este campo, las técnicas de investigación han ido variando y el laboratorio cuenta ahora con una de las más sofisticadas: la secuenciación masiva , un método que permite leer la secuencia total de letras que componen el ADN de un microorganismo, en este caso la bacteria Listeria monocytogenes .
Foto: SINC
“Esta tecnología resulta particularmente útil en el estudio de enfermedades de transmisión alimentarias , ya que nos permite vincular de una manera muy precisa diferentes casos clínicos con una misma fuente de intoxicación, mediante la comparación de estos genomas”, señala Raquel Abad, investigadora principal del brote de listeria y coordinadora del laboratorio.
Con estas técnicas ya han podido secuenciar un total de 172 aislamientos , casi todos procedentes de Andalucía. Los expertos han podido relacionar hasta la fecha 144 casos clínicos con 13 aislados alimentarios. “Esto significa que la cepa que han encontrado tanto en los pacientes como en los alimentos es la misma o está relacionada”, explica la experta.
Técnicas informáticas
Antes de introducir toda la información en la máquina de secuenciación, las cepas pasan por un proceso de cultivo, con el objetivo de obtener una cantidad de material suficiente para hacer el análisis.
Una vez cultivadas, se extraen fragmentos de ADN y este es el que se i ntroduce en el equipo de secuenciación masiva , explica Ángel Zaballos, responsable de la Unidad de Genómica del Instituto de Investigación Carlos III. Esta máquina es capaz de descifrar las particularidades de cada gen.
Foto: SINC
“Se generan datos muy brutos. Son millones de trocitos de ADN –no el ADN completo- y estos hay que juntarlos en una sola pieza más grande, que es el genoma original de la bacteria”, explica el experto mientras trabaja con el secuenciador.
Este equipo puede analizar hasta cien muestras a la vez y tarda 29 horas con cada una de ellas, pero el cuello de botella del proceso se da en el análisis posterior, según indica Jesús Oteo, director del CNM.
Un análisis meticuloso
Realizar el análisis es como montar un puzle: los investigadores tienen que r ellenar los huecos que faltan tras la secuenciación , fijándose en los datos que tienen alrededor y en las semejanzas que presentan.
Una vez que lo finalizan, se comparan con el resto de cepas analizadas. De este modo comprueban si una bacteria es la misma que la otra y si proceden de una misma fuente de infección. “En cuanto se diferencian se pueden establecer relaciones jerárquicas . Somos capaces de averiguar el origen porque sabemos que esta muestra se parece a esta otra”, explica Vázquez.
“Todo este proceso tiene una duración de una semana aproximadamente”, explica Vázquez, aunque Abad añade que normalmente es más. Este equipo de secuenciación se incorporó en 2017, pero el laboratorio tenía ya una base de datos desde 2015 con más de 700 cepas secuenciadas, la mayoría de ellas procedentes de pacientes.
La base de datos del Laboratorio de Listeria está también depositada en el Centro Europeo para el Control de Enfermedades Infecciosas . Así, cuando este centro activa una alerta, el resto de países comparan sus secuencias.
Normalmente reciben entre 200 y 300 muestras anuales de listeria, una bacteria que afecta cada año a más personas en la Unión Europea y que en 2017 tuvo una tasa de mortalidad del 13,8 %.
