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Carlos Aguiar Retes nació el 9 de enero de 1950 en Tepic, Nayarit, dentro de una familia muy devota, constituida por sus padres, el señor Carlos Aguiar Manjarrez y la señora María Teresa Retes Pérez, y por seis hijos, de los cuales el segundo.
Entre 1961 y 1969 realizó los estudios de Humanidades y Filosofía en el seminario de Tepic. Posteriormente cursó Teología en el Seminario de Montezuma, en Nuevo México, de 1969 a 1972, y en el de Tula, Hidalgo, de 1972 a 1973.
Fue ordenado diácono el 24 de diciembre de 1971. El 22 de abril de 1973 recibió el sacerdocio en la Catedral de Tepic.
El 28 de mayo de 1997 su Santidad Juan Pablo II lo preconizó Tercer Obispo de Texcoco. Recibió la consagración el 29 de junio de ese mismo año.
La presidencia del Consejo Episcopal Latinoamericano CELAM lo nombro secretario general del consejo el 23 de mayo de 2000, en sustitución de Felipe Arizmendi, para concluir el cuatrienio 1999-2003. El 15 de mayo de 2003, dentro de la XXIX Asamblea Ordinaria del CELAM en Paraguay, recibió el cargo de primer vicepresidente del Consejo para el cuatrienio 2003-2007.
El 8 de marzo de 2007, Benedicto XVI lo nombró miembro del Pontificio Consejo para el Dialogo Interreligioso durante el quinquenio 2007-2012.
Durante la XXXI Asamblea Ordinario del CELAM recibió la Presidencia del Departamento de Comunión Eclesial y Diálogo para el periodo 2007-2011.
El 3 de febrero de 2009, Benedicto XVI lo ordenó Arzobispo de Tlalnepantla, en sustitución de Ricardo Guizar Díaz; tomó posesión el 31 de marzo de ese mismo año.
En 2011 Aguiar Retes recibió la presidencia del CELAM para el periodo 2011-2015.
