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La Procuraduría General de la República (PGR) mantiene abierta una investigación por violaciones graves a derechos humanos en los hechos ocurridos el 30 de junio de 2014 en Tlatlaya, donde 22 civiles -presuntos integrantes del crimen organizado- fallecieron; de acuerdo con la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) algunos ya se habían rendido y fueron ejecutados.
En ese sentido la dependencia realiza diversas actuaciones ministeriales para deslindar responsabilidades en torno a la denuncia por violaciones graves a derechos humanos, pero espera a que la víctima "Julia" ratifique las pruebas y escritos que ha ofrecido.
Por medio de la Subprocuraduría Derechos Humanos, que encabeza Eber Betanzos, la PGR inició la investigación a partir de la reclasificación que hizo la CNDH el 13 de enero de 2015 a violaciones graves a los derechos humanos.
En octubre de 2015, el Juzgado Décimo Cuarto de Distrito de Procesos Penales Federales en el Distrito Federal determinó la libertad de los militares Julio César Guerrero Cruz, Samuel Torres López, Alan Fuentes Guadarrama y el teniente Ezequiel Rodríguez Martínez, al no encontrar pruebas suficientes.
Por otra parte, los militares Fernando Quintero Millán, Roberto Acevedo López y Leobardo Hernández Leónides, fueron consignados por su presunta responsabilidad en la comisión del delito de abuso de autoridad, homicidio calificado en agravio de ocho personas y alteración ilícita del lugar y vestigios del hecho delictivo.
